I 1953 flytter Cheminova til Lemvig...

Ingeniøren Jørn og hans kone, Karin, er flyttet til Lemvig. Vi er i 1953, og årsagen til familiens flytning er fabrikken Cheminova, der netop har rykket teltpælene op, og er rykket fra Sjælland til Lemvig. Fabrikken bringer hurtigt velstand til byen og området, men lykken over områdets opblomstring bliver snart erstattet af bekymringer.
Havbunden blottes for liv, og fiskene i havet uden for Lemvig bliver uspiselige grundet de store mængder kemisk affald, som fabrikken leder ud i havet - og alt imens udsættes fabriksarbejderne dagligt for forgiftninger.
Forgiftningerne og havbundens død bliver dog hurtigt hele egnens hemmelighed, da ingen kan overskue konsekvenserne, hvis Cheminova flytter igen.

De bedste familier er en fortælling om en egns overgang fra efterkrigstid til moderne velfærdssamfund, om kvindernes roller og om klasseskel og venskaber på tværs af skellene. Venskaber der sættes på prøve, da de katastrofale konsekvenser af fabrikkens tilflytning begynder at vise sig.